Cơ sở vật chất của Viện Công nghệ sinh học và Công nghệ thực phẩm bao gồm 2500 m2 diện tích sử dụng cho các hoạt động nghiên cứu và phát triển (7 phòng thí nghiệm và 3 xưởng thực nghiệm)
- Phòng thí nghiệm Kỹ thuật di truyền
- Phòng thí nghiệm Proteomics
- Phòng thí nghiệm Lên men
- Phòng thí nghiệm Công nghệ thực phẩm
- Phòng thí nghiệm Phân tích chất lượng thực phẩm
- Phòng thí nghiệm Phân tích cảm quan
- Phòng thí nghiệm Quá trình và Thiết bị sinh học – thực phẩm
- Xưởng thực nghiệm Chế biến rau quả
- Xưởng thực nghiệm Chế biến sữa và các sản phẩm từ sữa
- Xưởng thực nghiệm Lên men và Thu hồi sản phẩm
Các phòng thí nghiệm và xưởng thực nghiệm cho phép thực hiện đào tạo gắn liền với nghiên cứu khoa học, nghiên cứu phát triển các giải pháp kỹ thuật và phát triển sản phẩm cũng như thử nghiệm các công nghệ mới ở quy mô pilot.