Hiện nay, các đề tài, dự án nghiên cứu của Bộ môn Vi sinh – Hóa sinh – Sinh học phân tử tập trung vào các hướng nghiên cứu chính sau:
- Ứng dụng vi sinh vật trong sản xuất thực phẩm bảo vệ sức khoẻ: hướng tới nâng cao sức khỏe cộng đồng, các chất có nguồn gốc từ vi sinh vật có hoạt tính sinh học cao (giảm tiểu đường, chống cao huyết áp; chống oxi hoá, kháng tế bào ung thư…) đã và đang được tập trung nghiên cứu.
- Ứng dụng công nghệ vi sinh trong sản xuất thức ăn chăn nuôi và phụ gia thức ăn chăn nuôi: tạo ra chế phẩm sinh học nhằm tăng khả năng tiêu hoá của thức ăn chăn nuôi và tăng cường sức khoẻ vật nuôi.
- Ứng dụng công nghệ enzym: tập trung chủ yếu vào việc thu nhận, tách, tinh chế, ổn định chế phẩm enzym có nguồn gốc tự nhiên, tái tổ hợp và khai thác khả năng ứng dụng.
- Công nghệ xử lí môi trường: khai thác ứng dụng vi sinh vật để xử nước thải (ao hồ, nước thải sinh hoạt, nước rỉ rác…) và rác thải (rác thải làng nghề, rác thải sinh hoạt…). Tích hợp công nghệ và hệ thống thiết bị xử lý để nâng cao hiệu quả xử lý và giảm chi phí năng lượng.
- Phát triển các phương pháp phân tích nhanh: khai thác các kỹ thuật enzyme, sinh học phân tử và miễn dịch cho phát triển các phương pháp phân tích nhanh các vi sinh vật gây bệnh, độc tố trong các lĩnh vực y học, thực phẩm, chăn nuôi.