Các hướng nghiên cứu chính của Trung tâm tập trung về lĩnh vực CNSH, bao gồm
- Nghiên cứu sàng lọc/tạo mới các nguồn gen, đặc biệt nguồn gen bản địa, cho mục tiêu phát triển chế phẩm protein/enzyme, hoạt chất sinh học nhờ kỹ thuật proteomics và sinh học phân tử cho các ứng dụng công nghiệp, nông nghiệp, y học và dược phẩm.
- Nghiên cứu phát triển các giải pháp và công cụ phân tích nhanh dựa trên kỹ thuật sinh học phân tử, hóa sinh, miễn dịch cho phân tích và chẩn đoán bệnh và tác nhân gây bệnh, ứng dụng trong y tế, thú y, thủy sản và kiểm soát an toàn thực phẩm.
- Nghiên cứu phát triển các giải pháp kỹ thuật và các giải pháp thiết bị cho thiết lập và tối ưu quá trình công nghệ sinh học, bao gồm lên men và thu hồi sản phẩm từ dịch lên men cũng như giải pháp kỹ thuật môi trường.